离婚时两个孩子抚养权的判定需综合多方面因素，一般会先由父母双方协商，协商不成的，法院会按照最有利于未成年子女的原则判决。通常情况下，可能一方抚养一个孩子，但也存在一方抚养两个孩子的情况。

在离婚案件中，孩子抚养权的归属至关重要。父母双方可以就两个孩子的抚养权进行协商。这种协商是建立在双方自愿、平等的基础上，充分考虑孩子的意愿以及实际生活状况等因素。如果双方能够达成一致意见，签订抚养协议，那么按照协议来确定孩子的抚养安排，这体现了当事人意思自治的原则，也有利于孩子生活的稳定。

然而，当双方无法协商一致时，就需要由法院来判决。法院在判决时，会以最有利于未成年子女的原则为核心。对于不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。这是因为这个阶段的孩子对母亲的依赖度较高，母亲的照顾通常更有利于孩子的成长。例如，在许多实际案例中，婴儿在哺乳期内，母亲的母乳喂养和悉心照料对孩子的健康发育起着关键作用。

已满两周岁的子女，法院会综合考虑双方的具体情况。这些情况包括双方的经济状况，稳定的经济收入能够为孩子提供良好的生活条件，如住房、教育、医疗等方面的保障。一方经济条件较好，能够为孩子提供更多的资源和机会，可能在争取抚养权上更有优势。还有抚养能力，如是否有足够的时间陪伴孩子、是否具备教育孩子的能力等。如果一方工作繁忙，无暇顾及孩子的生活和学习，而另一方有更多的时间和精力照顾孩子，那么法院可能会倾向于将抚养权判给后者。

对于已满八周岁的子女，应当尊重其真实意愿。因为这个年龄段的孩子已经有了一定的认知和判断能力，他们能够表达自己更愿意和哪一方共同生活。例如，在一些案件中，孩子明确表示愿意跟随父亲生活，并且能够说明合理的理由，法院通常会考虑孩子的意愿。

在司法实践中，一般情况下会判决父母双方各自抚养一个孩子，这样可以让孩子在父母双方的关爱下成长，也能平衡双方的抚养负担。但如果一方存在不适合抚养孩子的情形，如患有严重疾病、有不良嗜好、存在虐待孩子等行为，法院可能会将两个孩子的抚养权都判给另一方。总之，孩子抚养权的判定是一个复杂的过程，需要综合各种因素来确定最有利于孩子成长的抚养方案。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。