不动产登记由不动产所在地的县级人民政府不动产登记机构办理；直辖市、设区的市人民政府可以确定本级不动产登记机构统一办理所属各区的不动产登记。跨县级行政区域的不动产登记，由所跨县级行政区域的不动产登记机构分别办理。不能分别办理的，由所跨县级行政区域的不动产登记机构协商办理；协商不成的，由共同的上一级人民政府不动产登记主管部门指定办理。

在我国，为了规范不动产登记行为，整合不动产登记职责，方便群众申请登记，保护权利人合法权益，专门对不动产登记的部门进行了明确规定。

一般情况：通常来说，不动产登记是由不动产所在地的县级人民政府不动产登记机构负责。这里的不动产登记机构是经过整合相关职责后设立的专门部门。以前，不动产登记涉及多个部门，比如土地登记在土地管理部门，房屋登记在房产管理部门等，这种分散登记的模式存在诸多弊端，如职责交叉、办事效率低等。而现在统一到不动产登记机构，提高了登记的效率和准确性。

特殊情况（直辖市、设区的市）：对于直辖市、设区的市，其情况有所不同。这些地方的人民政府可以根据实际情况，确定本级不动产登记机构统一办理所属各区的不动产登记。这样做有利于统一管理和规范操作，避免不同区之间可能出现的标准差异等问题。

跨区域情况：当不动产跨县级行政区域时，处理方式相对复杂一些。首先由所跨县级行政区域的不动产登记机构分别办理。但如果存在不能分别办理的情况，比如涉及到一些复杂的权属界定等问题，就需要所跨县级行政区域的不动产登记机构进行协商办理。若协商不成，就由共同的上一级人民政府不动产登记主管部门指定办理，以确保不动产登记能够顺利进行，保障不动产权利人的合法权益。

法律依据：

《不动产登记暂行条例》 第六条

国务院国土资源主管部门负责指导、监督全国不动产登记工作。县级以上地方人民政府应当确定一个部门为本行政区域的不动产登记机构，负责不动产登记工作，并接受上级人民政府不动产登记主管部门的指导、监督。

第七条

不动产登记由不动产所在地的县级人民政府不动产登记机构办理；直辖市、设区的市人民政府可以确定本级不动产登记机构统一办理所属各区的不动产登记。