法人变更股东不签字时，可先查看公司章程对相关事项的规定，若符合规定程序，可通过召开股东会等合法方式推进变更；若部分股东故意不配合，可通过协商沟通解决，也可考虑寻求法律途径，如提起诉讼等。

在公司运营过程中，法人变更需要遵循一定的法律程序和公司章程规定。当遇到股东不签字的情况，首先要依据公司章程来处理。公司章程是公司的“宪法”，对公司的重大事项决策程序有明确规定。如果章程中规定了法人变更只需一定比例的股东同意即可进行，那么在满足该比例的情况下，即便有部分股东不签字，变更仍可按照规定流程推进。

召开股东会是解决此类问题的重要方式。股东会是公司的权力机构，能够对公司的重大事项进行决策。在召开股东会前，要按照公司章程规定的程序通知全体股东，确保会议的召集和召开合法合规。在股东会上，详细说明法人变更的原因、目的以及对公司未来发展的影响，争取大多数股东的理解和支持。如果在股东会上，根据公司章程规定的表决方式，达到了通过法人变更决议所需的票数，那么该决议就是有效的。

若部分股东故意不配合签字，公司可以尝试与这些股东进行协商沟通。了解他们不签字的原因，看是否存在误解或其他合理诉求。通过友好协商，解决他们的顾虑，争取他们的签字同意。例如，如果股东是对变更后的法人能力存在担忧，公司可以详细介绍新法人的资质和经验，消除其顾虑。

如果协商沟通无法解决问题，公司可以考虑寻求法律途径。可以向法院提起诉讼，请求法院确认股东会决议的效力。法院会根据相关法律法规和公司章程的规定进行审理，如果股东会决议的程序和内容合法，法院通常会支持公司的诉求。通过法律途径，能够保障公司的合法权益，确保法人变更程序顺利进行。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第一百七十九条

公司合并或者分立，登记事项发生变更的，应当依法向公司登记机关办理变更登记；公司解散的，应当依法办理公司注销登记；设立新公司的，应当依法办理公司设立登记。

公司增加或者减少注册资本，应当依法向公司登记机关办理变更登记。

第四十三条

股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。

股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。