夫妻注册有限公司股权分配方式较为灵活，可以按照各自的出资比例分配，也可协商确定不按出资比例的分配方式，还可以考虑综合多种因素进行分配，如一方的技术、管理能力等。

在夫妻注册有限公司时，股权分配是一个重要问题。按出资比例分配股权是较为常见的方式。根据《公司法》规定，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。夫妻双方按照各自实际的出资额在公司注册资本中所占的比例来确定股权比例。例如，夫妻一方出资60万，另一方出资40万，公司注册资本为100万，那么出资60万的一方股权比例为60%，出资40万的一方股权比例为40%。

协商确定股权分配也是被法律所允许的。即使双方的出资比例不同，但经过友好协商，也可以不按照出资比例来分配股权。比如，一方虽然出资较少，但在公司的经营管理中承担了主要工作，双方可以协商给予其较高的股权比例。这种方式充分体现了意思自治原则，但需要在公司章程中明确记载，以避免日后产生纠纷。

综合考虑多种因素分配股权也具有可行性。除了出资和管理能力外，还可以考虑一方的技术、客户资源等因素。如果一方拥有独特的技术，对公司的发展起着关键作用，那么可以适当增加其股权比例。同时，在股权分配时，还需要考虑公司未来的发展战略和规划。例如，如果公司计划引入外部投资者，那么在股权分配时就要预留一定的股权份额，以吸引新的投资者。夫妻注册有限公司的股权分配需要综合多方面因素，谨慎确定。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第六条

设立公司，应当依法向公司登记机关申请设立登记。符合本法规定的设立条件的，由公司登记机关分别登记为有限责任公司或者股份有限公司；不符合本法规定的设立条件的，不得登记为有限责任公司或者股份有限公司。

法律、行政法规规定设立公司必须报经批准的，应当在公司登记前依法办理批准手续。

公众可以向公司登记机关申请查询公司登记事项，公司登记机关应当提供查询服务。