工伤认定超期后，医疗费的处理需根据超期原因来确定不同的手续和解决途径。若因用人单位原因导致超期，由用人单位承担赔偿责任；若因劳动者自身原因超期，可能需通过民事诉讼等方式解决。

要明确工伤认定超期的原因。根据《工伤保险条例》规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。用人单位未在规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。

如果是用人单位的原因导致工伤认定超期，劳动者可以要求用人单位承担医疗费等相关费用。劳动者可以与用人单位进行协商，要求其支付医疗费。若协商不成，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位承担赔偿责任。在仲裁过程中，劳动者需要提供相关证据，如劳动合同、医疗费用清单、诊断证明等，以证明自己的主张。

若工伤认定超期是由于劳动者自身原因，如未及时了解工伤认定的相关规定、因个人原因耽误申请时间等。这种情况下，工伤保险基金通常不会支付医疗费。劳动者可以通过民事诉讼的方式，以人身损害赔偿为由向法院起诉用人单位，要求其承担相应的赔偿责任。在民事诉讼中，需要证明用人单位存在过错，且该过错与自己的伤害之间存在因果关系。

此外，在处理工伤认定超期医疗费问题时，无论哪种情况，都要注意收集和保存好相关的证据，如医疗记录、费用票据、与用人单位的沟通记录等，以便在需要时维护自己的合法权益。同时，不同地区的具体规定和操作流程可能会有所差异，建议及时咨询当地的劳动保障部门或专业律师，以获取准确的指导。

法律依据：

《工伤保险条例》 第十七条

职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。

用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。