盗窃案不起诉却被拘留三个月，可能是因为在作出不起诉决定前，犯罪嫌疑人已被依法采取刑事拘留、逮捕等强制措施，且在这期间案件处于侦查、审查起诉等阶段，所以会有被羁押的情况，而不起诉决定作出后应立即释放。

在司法实践中，对于盗窃案件的处理有一套完整的司法程序。当公安机关发现盗窃犯罪线索后，会对犯罪嫌疑人采取刑事拘留措施。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》规定，公安机关对被拘留的人，认为需要逮捕的，应当提请人民检察院审查批准。一般情况下，公安机关对被拘留的人，认为需要逮捕的，应当提请人民检察院审查批准。人民检察院应当自接到公安机关提请批准逮捕书后的七日以内，作出批准逮捕或者不批准逮捕的决定。

在侦查阶段，公安机关需要对案件进行全面调查，收集相关证据，确定犯罪嫌疑人是否实施了盗窃行为以及盗窃的具体情况等。这个过程可能会持续一段时间，犯罪嫌疑人在这段时间内会处于被羁押状态。

之后案件会进入审查起诉阶段，人民检察院会对公安机关移送的案件进行审查。如果经过审查，人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，或者存在证据不足等情形，可能会作出不起诉决定。

然而，在作出不起诉决定之前，犯罪嫌疑人已经被依法拘留了一段时间。所以就会出现盗窃案最终不起诉，但犯罪嫌疑人已经被拘留了三个月的情况。不过，一旦不起诉决定作出，根据法律规定，应当立即释放被羁押的犯罪嫌疑人。所以，如果在不起诉决定作出后还存在继续羁押的情况，这是不符合法律规定的，当事人可以通过合法途径维护自己的权益。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第十六条

有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

（二）犯罪已过追诉时效期限的；

（三）经特赦令免除刑罚的；

（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；

（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；

（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。