私企怀疑员工拿回扣但找不到证据，通常不能直接立案。需先收集初步证据，再根据不同情况决定处理方式，若符合职务侵占罪或非国家工作人员受贿罪的立案标准，可向公安机关报案；若未达刑事标准，可通过民事诉讼等途径解决。

在处理私企怀疑员工拿回扣却缺乏证据的情况时，应遵循一定的步骤和方法。不能盲目立案，因为没有证据支持的指控可能会引发一系列法律风险和不必要的纠纷。企业要做的是积极收集初步证据。可以从多个方面入手，例如审查员工的业务合同，查看交易价格是否明显高于市场正常水平，交易流程是否存在异常；检查员工的财务往来记录，看是否有不明来源的款项流入；还可以向与该员工有业务往来的客户进行调查询问，但要注意方式方法，避免侵犯他人合法权益。

当收集到一定的初步证据后，要判断是否达到刑事立案标准。如果员工拿回扣的行为涉嫌职务侵占罪或非国家工作人员受贿罪，企业可以向公安机关报案。根据相关法律规定，公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的构成职务侵占罪；公司、企业或者其他单位的工作人员利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的构成非国家工作人员受贿罪。公安机关会根据企业提供的证据和相关线索进行审查，如果认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的，就会予以立案侦查。

若员工拿回扣的行为未达到刑事立案标准，企业也并非没有办法。可以通过民事诉讼的方式，要求员工返还不当得利。在民事诉讼中，企业需要承担举证责任，证明员工存在拿回扣的行为以及给企业造成了损失。此外，企业还可以依据内部规章制度对员工进行处理，如警告、降职、辞退等，但规章制度的制定和执行必须符合法律规定，否则可能会面临劳动纠纷。总之，企业在处理此类问题时，要注重证据的收集和运用，依法依规维护自身的合法权益。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》 第一百六十三条

公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。

公司、企业或者其他单位的工作人员在经济往来中，利用职务上的便利，违反国家规定，收受各种名义的回扣、手续费，归个人所有的，依照前款的规定处罚。