商检失职罪与动植物检疫失职罪主要在犯罪主体、犯罪对象、侵犯客体等方面存在区别。

犯罪主体不同。商检失职罪的主体是国家商检部门、商检机构的工作人员。这些人员负责对进出口商品进行检验等工作，具有特定的商检职责。而动植物检疫失职罪的主体是国家动植物检疫机关的检疫人员，他们专门从事动植物及其产品的检疫工作，职责围绕动植物检疫展开。

犯罪对象不同。商检失职罪的对象是《商检机构实施检验的进出口商品种类表》中的商品以及其他法律、行政法规规定须经商检机构检验的进出口商品。这些商品范围广泛，包括各类工业制成品、原材料等。而动植物检疫失职罪的对象是进出境的动植物、动植物产品和其他检疫物，装载动植物、动植物产品和其他检疫物的装载容器、包装物，以及来自动植物疫区的运输工具等，主要聚焦于动植物相关的物品。

侵犯客体不同。商检失职罪侵犯的客体是国家进出口商品检验部门、机构的正常活动及国家其他有关机关的正常活动。其危害主要体现在影响国家对进出口商品质量的把控和贸易秩序。动植物检疫失职罪侵犯的客体是国家进出境动植物检疫机关的正常活动。一旦该罪发生，可能导致动植物疫病、害虫及其他有害生物传入、传出国境，对农、林、牧、渔业生产和人体健康造成严重危害。

立案标准不同。根据相关规定，商检失职罪造成直接经济损失30万元以上等情形应予立案；动植物检疫失职罪造成直接经济损失50万元以上等情形应立案追究刑事责任。不同的立案标准也反映了两个罪名在危害程度衡量上的差异。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》 第四百一十二条

国家商检部门、商检机构的工作人员徇私舞弊，伪造检验结果的，处五年以下有期徒刑或者拘役；造成严重后果的，处五年以上十年以下有期徒刑。

前款所列人员严重不负责任，对应当检验的物品不检验，或者延误检验出证、错误出证，致使国家利益遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役。