员工补偿金个税计算需区分不同情况。在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过3倍数额的部分，不并入当年综合所得，单独适用综合所得税率表计算纳税。

明确政策依据。根据相关税收规定，个人与用人单位解除劳动关系取得一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税。这里所说的当地上年职工平均工资，是指当地统计部门公布的上一年度全口径城镇单位就业人员平均工资。

例如，某地上年职工平均工资为5万元，那么3倍数额就是15万元。若员工获得的补偿金是12万元，由于12万元小于15万元，这12万元补偿金就无需缴纳个人所得税。

若补偿金超过当地上年职工平均工资3倍数额，对于超过的部分，不并入当年综合所得，而是单独适用综合所得税率表来计算纳税。具体计算步骤如下：先确定超过3倍数额的部分，假设员工获得补偿金20万元，当地上年职工平均工资3倍数额为15万元，那么超过部分就是20-15 = 5万元。然后，查找综合所得税率表，确定对应的税率和速算扣除数。综合所得税率表根据应纳税所得额的不同区间设置了不同的税率和速算扣除数。以5万元为例，对应综合所得税率表找到适用税率和速算扣除数后，按照公式“应纳税额 = 超过部分 × 适用税率-速算扣除数”进行计算，得出需要缴纳的个人所得税金额。

需要注意的是，不同地区的当地上年职工平均工资数额不同，所以在计算员工补偿金个税时，要以当地实际公布的数据为准。同时，企业在支付员工补偿金并代扣代缴个税时，应严格按照税收法规的要求进行操作，确保计算准确、缴纳合规。

法律依据：

《财政部 税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》 第五条

（一）个人与用人单位解除劳动关系取得一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过3倍数额的部分，不并入当年综合所得，单独适用综合所得税率表，计算纳税。