合同有瑕疵可以作为证据起诉对方，但最终能否胜诉需结合瑕疵的具体情况、对合同履行的影响以及相关法律规定等来综合判断。

在商业活动和日常生活中，合同是约束双方权利义务的重要依据。当合同出现瑕疵时，是否能凭借此瑕疵起诉对方需要从多个方面进行分析。

要明确合同瑕疵的类型。合同瑕疵可能表现为内容不完整，比如缺少关键条款，像买卖合同中未明确货物的质量标准、交付时间等；也可能是表述不清晰，存在歧义，使得双方对条款的理解产生分歧；还可能是形式上的瑕疵，如合同未签字盖章等。不同类型的瑕疵对合同效力和履行的影响各不相同。

对于内容不完整的瑕疵，如果该缺失的条款属于合同的必要条款，且无法通过交易习惯、相关法律法规等进行补充确定，那么可能会影响合同的履行，这种情况下可以考虑以此为证据起诉对方，要求重新协商确定条款或者解除合同等。例如，在建设工程合同中，如果未明确工程价款的计算方式，双方又无法达成一致，施工方可能会因无法确定报酬而面临困境，此时可以通过诉讼解决。

表述不清晰的瑕疵，如果导致双方对合同权利义务产生重大分歧，并且无法通过协商达成一致，也可以作为起诉的证据。比如，合同中约定“合理的运输费用由甲方承担”，但对于“合理”的界定双方理解不同，这种情况下一方可以起诉要求法院对该条款进行解释和明确。

形式上的瑕疵，如果法律规定或合同约定合同必须具备特定形式才能生效，而该合同不具备，则合同可能不生效。但如果一方已经履行了主要义务，对方也接受的，根据《民法典》的规定，合同仍然成立。此时，即使存在形式瑕疵，也不一定能成为起诉对方的有力证据。

此外，起诉对方不仅要考虑合同瑕疵本身，还要看该瑕疵是否给己方造成了损失，以及对方是否存在过错。如果合同瑕疵并未对己方权益造成实质性损害，或者对方不存在主观过错，那么起诉可能无法得到法院的支持。总之，合同有瑕疵可以作为起诉的证据，但需要综合多方面因素来判断起诉的可行性和胜诉的可能性。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一百五十三条

违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。

违背公序良俗的民事法律行为无效。

第一百五十七条

民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。