员工侵权劳动争议可以通过协商、调解、仲裁、诉讼等方式处理。

在处理员工侵权劳动争议时，有多种途径可供选择。

协商：这是最为简便、直接的方式。劳动争议发生后，双方可以就争议事项进行沟通交流，寻求达成一致的解决方案。例如，员工因工作失误给公司造成一定经济损失，公司与员工可以协商确定赔偿的方式和金额，员工可以通过分期赔偿等方式来弥补公司的损失。协商过程中，双方应秉持平等、自愿、合法的原则，友好地解决问题，这样既能节省时间和精力，又有助于维护双方的合作关系。

调解：若双方协商不成，可以向调解组织申请调解。调解组织包括企业劳动争议调解委员会、依法设立的基层人民调解组织等。这些调解组织具有中立性和专业性，能够公正地听取双方的诉求，依据相关法律法规和事实情况进行调解。比如，员工与公司在知识产权归属问题上产生争议，调解组织可以通过了解员工的工作内容、公司的相关规定等情况，提出合理的调解方案，促使双方达成调解协议。调解成功后，双方应按照调解协议履行义务。

仲裁：调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。劳动仲裁是处理劳动争议的重要程序，具有准司法性质。申请仲裁时，当事人需要提交仲裁申请书及相关证据材料。仲裁委员会会根据双方提供的证据和陈述进行审理，并作出仲裁裁决。仲裁裁决具有法律效力，若一方不履行仲裁裁决，另一方可以向法院申请强制执行。例如，员工认为公司侵犯其竞业限制权益，可通过仲裁来维护自己的合法权益。

诉讼：对仲裁裁决不服的，除法律另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。法院会按照民事诉讼程序对案件进行审理，作出公正的判决。法院的判决具有最终的权威性，双方都必须遵守。例如，在涉及商业秘密侵权的劳动争议中，若员工和公司对仲裁结果不满意，都可以向法院提起诉讼，由法院依据事实和法律作出最终的裁决。

法律依据：

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》 第五条

发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》 第四十八条

劳动者对本法第四十七条规定的仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。