二手房协议中定金和违约金的计算方式有所不同。定金一般按照合同约定的数额支付，不得超过主合同标的额的百分之二十，收受定金一方违约应双倍返还，给付定金一方违约无权要求返还。违约金则根据合同约定的计算方法确定，若约定过高或过低，当事人可请求法院或仲裁机构调整。

在二手房交易中，定金和违约金是保障合同履行的重要条款。首先来看定金，根据《民法典》规定，定金的数额由当事人约定，但不得超过主合同标的额的百分之二十，超过部分不产生定金的效力。例如，二手房总价为200万元，那么定金最多只能约定为40万元。当给付定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，无权请求返还定金；收受定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，应当双倍返还定金。这就是所谓的“定金罚则”，其目的在于促使双方当事人严格履行合同。

而违约金方面，通常在二手房协议中会明确约定具体的计算方式。比如，可能约定违约方需按照房屋总价款的一定比例支付违约金，如5%或10%等。如果合同中没有明确约定计算方式，那么可能会根据实际损失来确定违约金数额。然而，合同约定的违约金可能会出现过高或过低的情况。根据法律规定，约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。判断违约金是否过高，一般以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素。

此外，在二手房交易中，定金和违约金不能同时适用。当事人只能选择其一主张权利。当出现违约情况时，守约方应根据具体情况，权衡定金和违约金哪种方式能更好地维护自身权益，然后通过合法途径主张相应的赔偿。

法律依据：

《民法典》 第五百八十七条

债务人履行债务的，定金应当抵作价款或者收回。给付定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，无权请求返还定金；收受定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，应当双倍返还定金。

第五百八十八条

当事人既约定违约金，又约定定金的，一方违约时，对方可以选择适用违约金或者定金条款。定金不足以弥补一方违约造成的损失的，对方可以请求赔偿超过定金数额的损失。