经济补偿金诉讼时效过了法院仍会立案起诉。诉讼时效经过并不影响当事人的起诉权，法院在立案时一般只做形式审查，符合起诉条件的就会予以立案。但在诉讼过程中，如果对方以诉讼时效已过进行抗辩，且法院查明无诉讼时效中止、中断等法定情形，法院可能会驳回原告的诉讼请求。

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，起诉必须符合下列条件：原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；有明确的被告；有具体的诉讼请求和事实、理由；属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。只要满足这些条件，法院就应当受理案件并立案。所以，即使经济补偿金的诉讼时效已经过了，当事人向法院提起诉讼，法院依然会依据上述规定进行立案审查，符合条件的就会立案。

然而，诉讼时效是法律为了督促权利人及时行使权利而设定的制度。当诉讼时效期间届满后，义务人可以提出不履行义务的抗辩。在经济补偿金纠纷案件中，如果被告在诉讼中提出原告的请求已过诉讼时效的抗辩，并且法院经过审理查明，不存在诉讼时效中止、中断等法定情形，那么法院会认定原告的胜诉权消灭，进而驳回原告的诉讼请求。

不过，也存在一些特殊情况。例如，即使诉讼时效已过，但如果被告没有提出诉讼时效抗辩，法院不得主动适用诉讼时效的规定进行裁判。这体现了诉讼时效抗辩权的行使遵循当事人意思自治原则。此外，如果存在诉讼时效中止、中断的情形，如在诉讼时效期间内，权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等，诉讼时效会重新计算。

综上所述，经济补偿金诉讼时效过了不影响法院立案，但可能影响当事人最终能否获得胜诉判决。当事人在遇到经济补偿金纠纷时，应及时行使权利，避免因诉讼时效问题导致自身权益受损。

法律依据：

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》 第二十七条

劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。