履行完毕的合同可以采取整理归档、妥善保管、必要时销毁等处理方式。

整理归档是处理履行完毕合同的重要一步。将合同按照一定的分类标准进行整理，比如按照业务类型、时间顺序等。这样做有助于后续的查询和管理。可以建立专门的合同档案库，无论是纸质合同还是电子合同，都要进行系统的分类和存放。对于纸质合同，要使用文件夹或档案盒进行收纳，并标注清楚合同的基本信息，如合同名称、签订日期、合同双方等。对于电子合同，要在电脑中建立专门的文件夹，同样按照分类标准进行存储，方便随时检索。

妥善保管合同也至关重要。合同作为双方权利义务履行的重要凭证，可能在未来的某个时间还会被用到。例如，在产品质量保证期内，如果出现质量问题，合同中的质量条款和售后服务条款就可能成为解决问题的依据。对于纸质合同，要注意防潮、防火、防虫等，避免合同受到损坏。可以将合同存放在干燥、通风的地方，必要时可以使用防潮剂和防虫剂。对于电子合同，要做好数据备份，防止因电脑故障、病毒攻击等原因导致合同数据丢失。可以将电子合同备份到外部硬盘、云存储等多个存储介质中。

在某些情况下，合同可以进行销毁。当合同已经过了法定的保存期限，并且确认不会再被使用时，可以按照规定的程序进行销毁。对于纸质合同，要进行粉碎处理；对于电子合同，要彻底删除并进行数据清除，确保合同信息不会被恢复。但在销毁之前，一定要进行严格的审核和确认，避免误销毁重要合同。此外，还可以对履行完毕的合同进行总结和分析，从中吸取经验教训，为今后的业务活动提供参考。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第五百零九条

当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。