报税联和抵扣联主要在用途和保管部门上存在区别。报税联是企业用于向税务机关申报纳税的凭证，由销售方留存并提交给税务机关；抵扣联是购买方用于抵扣进项税额的凭证，由购买方留存。

首先从用途方面来看，报税联是企业完成纳税申报工作的重要依据。企业在进行纳税申报时，需要将报税联上的相关信息，如销售金额、税额等，准确无误地填写到纳税申报表中。税务机关通过审核报税联，来核实企业的销售情况和应纳税额，以此确保企业依法履行纳税义务。例如，一家生产型企业在一个纳税期间内销售了大量产品，该企业就需要凭借销售发票的报税联来向税务机关申报这一期间的销售业务所产生的应纳税额。

而抵扣联对于一般纳税人来说至关重要。一般纳税人在购进货物、劳务、服务等时，取得的增值税专用发票的抵扣联上注明的进项税额，可以从当期销项税额中抵扣。这意味着企业可以通过抵扣进项税额，减少实际缴纳的增值税额，从而降低企业的税收负担。比如，某企业购进一批原材料，取得了增值税专用发票的抵扣联，上面注明的进项税额为 10 万元，该企业在当期有 20 万元的销项税额，那么通过抵扣这 10 万元的进项税额，该企业当期实际只需缴纳 10 万元的增值税。

在保管部门方面，报税联通常由销售方负责保管并提交给税务机关。销售方在开具发票后，会按照规定的时间和流程，将报税联与其他相关纳税资料一并报送至税务机关。税务机关会对这些资料进行妥善保存和管理，以备后续的税务检查和审计。

抵扣联则由购买方保管。购买方需要妥善保存抵扣联，防止其丢失或损坏。在进行进项税额抵扣时，购买方需要将抵扣联上的信息通过扫描、认证等方式，传递给税务机关进行比对和确认。只有经过税务机关认证相符的抵扣联，其注明的进项税额才能被允许抵扣。

法律依据：

《中华人民共和国发票管理办法》 第三条

本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。

第四条

国务院税务主管部门统一负责全国的发票管理工作。省、自治区、直辖市税务机关依据职责做好本行政区域内的发票管理工作。

财政、审计、市场监督管理、公安等有关部门在各自的职责范围内，配合税务机关做好发票管理工作。