取保候审金退还后又被拘留三个月，可能是因为后续司法程序推进、发现新证据或违反相关规定等情况。取保候审只是一种刑事强制措施，退还保证金并不意味着案件终结，犯罪嫌疑人仍需承担相应法律责任。

要明确取保候审的性质。取保候审是指在刑事诉讼中公安机关、人民检察院和人民法院等司法机关对未被逮捕或逮捕后需要变更强制措施的犯罪嫌疑人、被告人，为防止其逃避侦查、起诉和审判，责令其提出保证人或者交纳保证金，并出具保证书，保证随传随到，对其不予羁押或暂时解除其羁押的一种强制措施。退还保证金通常意味着在取保候审期间，犯罪嫌疑人遵守了相关规定。

然而，退还保证金并不代表案件的终结。司法机关会根据案件的具体情况继续推进诉讼程序。如果在后续的侦查、审查起诉或审判过程中，发现了新的证据，证明犯罪嫌疑人实施了较为严重的犯罪行为，且符合拘留条件，那么就可能会对其采取拘留措施。例如，在最初的调查中，证据显示犯罪情节相对较轻，所以采取了取保候审措施，但随着进一步侦查，发现犯罪嫌疑人还有其他未被发现的犯罪事实，此时司法机关可能会重新评估其社会危险性，并决定对其进行拘留。

另外，如果犯罪嫌疑人在取保候审期间违反了相关规定，如未经执行机关批准离开所居住的市、县，住址、工作单位和联系方式发生变动，在二十四小时以内未向执行机关报告等，司法机关也有权决定对其进行拘留。这是为了保证刑事诉讼的顺利进行，确保犯罪嫌疑人能够配合司法机关的工作。

被拘留三个月可能是处于侦查羁押阶段。根据法律规定，对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。所以，这三个月的拘留可能是在合法的侦查羁押期限内，司法机关为了查明案件事实而采取的措施。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第七十九条

人民法院、人民检察院和公安机关对犯罪嫌疑人、被告人取保候审最长不得超过十二个月，监视居住最长不得超过六个月。在取保候审、监视居住期间，不得中断对案件的侦查、起诉和审理。对于发现不应当追究刑事责任或者取保候审、监视居住期限届满的，应当及时解除取保候审、监视居住。解除取保候审、监视居住，应当及时通知被取保候审、监视居住人和有关单位。

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第九十七条

犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或者辩护人有权申请变更强制措施。人民法院、人民检察院和公安机关收到申请后，应当在三日以内作出决定；不同意变更强制措施的，应当告知申请人，并说明不同意的理由。