离婚时孩子十三岁，法院通常会尊重孩子的真实意愿来判决抚养权归属，同时也会综合考虑父母双方的抚养能力、抚养条件等因素。若父母能就孩子抚养问题协商一致，按协商结果处理。

在离婚案件中，孩子的抚养权归属是一个重要问题，尤其是当孩子已经十三岁时，处理方式有其特殊性。

根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条规定，已满八周岁的子女，应当尊重其真实意愿。这意味着在司法实践中，法院在判决抚养权时，会通过适当的方式询问孩子愿意跟随哪一方生活。比如，可能会安排单独的谈话，在较为轻松、无压力的环境下让孩子表达自己的想法。因为十三岁的孩子已经具备了一定的认知和判断能力，能够清楚表达自己对父母的情感依赖和生活选择倾向。

除了尊重孩子的意愿外，法院还会综合考虑父母双方的抚养能力和抚养条件。抚养能力包括经济收入、工作稳定性等方面。经济收入稳定且有足够经济实力的一方，能为孩子提供更好的生活和学习条件，在争取抚养权上可能更有优势。例如，一方有稳定的高收入工作，能够承担孩子的教育、医疗等费用，而另一方收入较低且不稳定，法院可能会倾向于将抚养权判给经济条件较好的一方。抚养条件还包括居住环境、教育资源等。如果一方居住的地方有优质的学校、良好的社区环境，更有利于孩子的成长，也会成为法院考虑的因素。

另外，如果父母双方能够就孩子的抚养问题达成一致意见，无论是轮流抚养还是由一方直接抚养，另一方支付抚养费，只要不损害孩子的合法权益，法院一般会予以认可。这种协商解决的方式，能减少对孩子的伤害，让孩子在相对和谐的氛围中适应父母离婚后的生活。

总之，离婚时处理十三岁孩子的抚养问题，要充分考虑孩子的意愿和实际情况，以保障孩子的健康成长为首要目标。

法律依据：

《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民法典>婚姻家庭编的解释（一）》 第四十八条

在有利于保护子女利益的前提下，父母双方协议轮流直接抚养子女的，人民法院应予支持。

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。