保护区违建涉及多方面责任主体，包括违建者、监管部门等。违建者是直接责任人，而监管部门若存在失职等情况，也需承担相应责任。

违建者是首要责任主体。在保护区内进行违建的个人或单位，他们违反了相关法律法规和保护区的管理规定。例如，未经许可在自然保护区内搭建房屋用于居住或经营，或者擅自建设工厂等设施。这些行为破坏了保护区的生态环境、景观风貌等，对保护区的保护目标造成了损害。违建者需要承担拆除违建、恢复原状以及可能面临的罚款等法律后果。根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

监管部门也可能承担相应责任。保护区通常有对应的管理部门，如自然保护区有自然保护区管理机构，风景名胜区有风景名胜区管理部门等。这些部门有职责对保护区进行日常巡查和监管，防止违建行为的发生。如果监管部门存在失职、渎职等情况，例如对明显的违建行为未及时发现、发现后未依法处理等，相关责任人员可能会面临行政处分，甚至在造成严重后果的情况下，可能会被追究刑事责任。依据《中华人民共和国公职人员政务处分法》，公职人员在履行职责中有玩忽职守、滥用职权等行为，导致公共财产、国家和人民利益遭受损失的，将根据情节轻重给予相应的政务处分。

此外，若涉及审批环节，相关审批部门在审批过程中把关不严，违规给予许可，也需要对违建情况承担一定责任。同时，村委会等基层组织若在违建过程中未履行应尽的报告、制止等义务，也可能会被追究一定责任。总之，保护区违建的责任认定需要根据具体情况，综合考量各方面因素来确定。

法律依据：

《城乡规划法》 第六十四条

未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

第六十八条

城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。