不动产登记证明和房产证存在多方面区别，不动产登记证明是他项权证，用于证明不动产抵押权、地役权或者预告登记、异议登记等事项；房产证是房屋所有权证，是对房屋所有权归属的书面证明。二者在性质、内容、发证机关、版本等方面均有不同。

性质方面，不动产登记证明是他项权证，它所登记的是除了房屋所有权之外的其他权利，比如抵押权。当购房者通过贷款购房时，银行会持有该证明作为抵押物的凭证，以保障其债权。而房产证是房屋所有权证，是不动产所有权的一种凭证，它代表着持有者对房屋拥有完整的所有权，包括占有、使用、收益和处分的权利。

内容方面，不动产登记证明上主要记载的是权利事项，如抵押的金额、期限等，以及不动产的坐落、编号等基本信息。房产证则包含了房屋所有权人信息、房屋坐落、登记时间、房屋性质、规划用途、房屋状况和土地状况等详细内容。它不仅体现了房屋的基本情况，还涉及到土地的相关信息，是对房屋及土地权属的全面记录。

发证机关方面，不动产登记证明是由不动产登记机构颁发的。随着不动产统一登记制度的实施，各地都设立了专门的不动产登记机构负责相关证书的发放。房产证以前是由各地的房产管理部门颁发，在不动产统一登记之前，房产和土地的管理是分开的，房产证只涉及房屋部分。

版本方面，不动产登记证明是新的不动产登记制度下的产物，格式和内容都是按照统一的标准制定的。房产证有多个版本，不同时期的房产证在格式、内容和防伪技术等方面都有所不同。随着时间的推移，房产证也在不断更新和完善，以适应不同阶段的管理需求。

法律依据：

《不动产登记暂行条例》 第四条

国家实行不动产统一登记制度。不动产登记遵循严格管理、稳定连续、方便群众的原则。不动产权利人已经依法享有的不动产权利，不因登记机构和登记程序的改变而受到影响。

《中华人民共和国土地管理法》 第十二条

土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。

《中华人民共和国城市房地产管理法》 第六十条

国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。