在刑事案件中，本人不认罪并不影响司法机关对案件的处理。司法机关会依据事实和证据来判定是否有罪，若证据确实、充分，即使嫌疑人不认罪，也能认定其有罪并处以刑罚。

首先要明确，在刑事诉讼中，认定被告人有罪并判处刑罚，并非取决于被告人是否认罪。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。

证据确实、充分，应当符合以下条件：一是定罪量刑的事实都有证据证明；二是据以定案的证据均经法定程序查证属实；三是综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。当司法机关收集到的证据达到上述标准时，即便被告人不认罪，也能够依法对其定罪。

在司法实践中，侦查机关会全面、客观地收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料。如果有大量的物证、书证、证人证言、鉴定意见等证据形成完整的证据链，足以证明犯罪事实的存在，法院就可以根据这些证据作出有罪判决。

对于被告人不认罪的情况，法院在审判过程中会更加审慎地审查证据。会组织控辩双方进行充分的质证和辩论，以确保对案件事实的认定准确无误。同时，被告人不认罪可能会影响其量刑情节。如果被告人有如实供述自己罪行的表现，根据法律规定，可以从轻处罚；而拒不认罪且态度恶劣的，可能在量刑时不被考虑从轻情节。刑事案件不会因被告人不认罪而无法处理，司法机关会依据法律和证据作出公正的裁决。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十五条

人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。