两份合同存在冲突时，处理需遵循时间先后顺序、明确约定的冲突解决条款、合同内容解释规则及法律特别规定四大原则。优先以签订时间在后的合同为准，若合同中明确约定冲突解决方式则从其约定；无约定时，需结合合同文义、体系、目的及交易习惯综合解释，必要时依据法律强制性规定处理，协商不成可通过诉讼或仲裁解决。

在商业交易或民事活动中，当事人可能因交易阶段变化、补充约定等原因签订多份合同，若内容存在矛盾，需依据法律规则和合同约定逐步梳理，具体处理方式如下：

一、时间在后的合同优先于时间在前的合同。根据《民法典》关于合同成立时间的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。若两份合同针对同一交易事项，且签订时间不同，原则上以签订时间在后的合同内容为准，因为后签订的合同通常是当事人对先前约定的变更或补充，更能体现双方真实意思表示。例如，甲、乙先签订《购销合同》约定货物单价10元/件，后又签订《补充协议》将单价变更为12元/件，此时应以后者约定为准。但需注意，若后合同明确声明“不改变前合同其他条款”，则仅冲突条款以在后合同为准，非冲突条款仍有效。

二、明确约定的冲突解决条款具有优先效力。若两份合同中存在专门的“冲突解决条款”（如“本合同与先前签订的《XX合同》不一致的，以本合同为准”），则该条款优先适用。此类条款属于当事人对合同冲突的预先安排，只要不违反法律强制性规定，即具有法律效力。例如，两份合同均约定“与本合同相关的争议，以最新签订的协议内容为准”，则直接按该约定确定效力顺序。实践中，部分合同可能表述为“本合同未尽事宜，按原合同执行”，此时需区分“未尽事宜”与“冲突事宜”，前者指未约定内容，后者指约定不一致的内容，不可混淆适用。

三、通过合同解释规则确定内容优先级。若两份合同无时间先后或冲突解决条款不明确，需依据《民法典》第四百六十六条的合同解释规则处理：首先进行文义解释，按照合同条款通常理解确定含义；其次进行体系解释，结合合同整体内容、上下文逻辑判断，例如主合同与从合同冲突时，主合同核心条款通常优先于从合同补充条款；再次进行目的解释，探究当事人签订合同的真实目的，若某条款更符合交易目的，则优先适用；最后可参照交易习惯，即行业惯例或双方过往交易模式。例如，两份合同对付款期限约定冲突，可结合双方历史交易中“先收货后付款”的习惯确定履行时间。

四、法律特别规定优先于合同约定。若合同冲突内容涉及法律强制性规定（如消费者权益保护、劳动基准、不动产登记等），则需优先适用法律规定，即使当事人约定与法律冲突，该约定也无效。例如，用人单位与劳动者先后签订两份劳动合同，一份约定“试用期6个月”，另一份约定“试用期3个月”，若岗位对应的法定试用期上限为3个月，则无论合同如何约定，均应以法定上限为准，超出部分无效。

此外，实务中处理合同冲突需注意证据留存，包括合同原件、签订过程中的沟通记录（邮件、微信聊天记录等）、实际履行证据（付款凭证、收货单等），这些可辅助证明合同签订背景及真实意思表示。若双方对冲突内容无法协商一致，可通过诉讼或仲裁解决，法院或仲裁机构将结合上述规则及证据综合认定合同效力及履行内容。综上，处理合同冲突需结合法律规则、合同约定及实际履行情况，必要时可咨询专业法律人士，以最大限度维护自身合法权益。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第五百三十三条

合同成立后，合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的，受不利影响的当事人可以与对方重新协商；在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者解除合同。

人民法院或者仲裁机构应当结合案件的实际情况，根据公平原则变更或者解除合同。