起诉选择个人公司还是自然人需依据具体法律关系和案件情况判断。若涉及公司行为且公司为独立责任主体，通常起诉公司；若存在个人需对公司债务承担连带责任情形或纯粹个人行为，可起诉自然人。

在决定起诉个人公司（通常指一人有限责任公司）还是自然人时，需要从多个方面进行考量。要明确法律责任主体。一人有限责任公司属于法人，具有独立的法人财产，以其全部财产对公司的债务承担责任。这意味着一般情况下，公司的经营活动、合同履行等产生的纠纷，应以公司作为被告进行起诉。比如，某一人有限责任公司与供应商签订了采购合同，之后因未按合同约定支付货款产生纠纷，供应商应起诉该一人有限责任公司，由公司以其资产承担支付货款的责任。

一人有限责任公司也存在特殊情况。根据《中华人民共和国公司法》规定，一人有限责任公司的股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的，应当对公司债务承担连带责任。若出现这种情况，在起诉公司的同时，可以将股东列为共同被告。例如，一人有限责任公司股东将公司资金随意用于个人消费，导致公司无法偿还债务，债权人在起诉公司时可同时起诉股东，要求其承担连带责任。

如果纠纷是由自然人的个人行为引起，与公司无关，那么就应直接起诉自然人。比如，公司股东以个人名义向他人借款，借款用于个人生活，这种情况下，债权人应起诉该自然人，要求其偿还借款。在一些侵权纠纷中，如果是自然人的行为导致他人损害，也应起诉自然人。比如，公司员工在工作之外的时间因个人原因对他人实施了侵权行为，受害者应起诉该员工个人。在起诉时要准确判断法律关系和责任主体，以确保诉讼的有效性和准确性。

法律依据：

《中华人民共和国民事诉讼法》 第一百二十二条

起诉必须符合下列条件：

（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；

（二）有明确的被告；

（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；

（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

第一百二十六条

人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合本法第一百二十二条的起诉，必须受理。符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人；不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理；原告对裁定不服的，可以提起上诉。