物流公司代收货款，代收款项本身不纳税，但相关服务收入需要按照规定进行纳税申报。一般需根据自身增值税纳税人身份，在规定时间内通过电子税务局或办税服务厅等渠道，填写对应申报表完成纳税申报。

要明确代收货款的性质。代收货款是物流公司受发货方委托，在向收货方交付货物时，代发货方收取货款的行为。代收的货款并不属于物流公司的收入，只是一种资金的代收转付，这部分款项不需要缴纳增值税等税费。

物流公司因提供代收货款服务而收取的手续费等收入，属于其经营服务所得，需要依法纳税。若物流公司为增值税小规模纳税人，通常按季度进行纳税申报。其适用的征收率一般为3%（目前有相关税收优惠政策）。在申报时，需登录电子税务局，进入增值税申报界面，填写《增值税及附加税费申报表（小规模纳税人适用）》。将代收货款服务手续费等应税收入填入相应的栏次，如应征增值税不含税销售额相关栏次。

如果物流公司是增值税一般纳税人，则需按月进行纳税申报。适用的增值税税率一般为6%。一般纳税人的申报相对复杂，要先进行发票的认证等操作。在电子税务局填写《增值税及附加税费申报表（一般纳税人适用）》及其附列资料。将代收货款服务取得的销售额填入附表一的相应栏次，同时要准确核算进项税额，填入附表二。通过销项税额减去进项税额计算出应纳税额。

除了增值税，还可能涉及城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等附加税费，这些附加税费是以实际缴纳的增值税为计税依据。企业还需根据盈利情况缴纳企业所得税。企业应在规定的申报期内准确核算收入、成本、费用等，计算应纳税所得额，填写企业所得税纳税申报表进行申报。物流公司要严格按照税收法规的要求，准确、及时地完成纳税申报工作。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》 第八十七条

犯罪经过下列期限不再追诉：

（一）法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；

（二）法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；

（三）法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；

（四）法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。