分居期间一方还贷款另一方是否应补偿财产，需根据具体情况判断。若该房屋为夫妻共同财产，贷款属于夫妻共同债务，一般情况下另一方应给予适当补偿；若房屋为一方个人财产，则需看还贷资金来源等因素确定另一方是否补偿。

要明确房屋的产权性质。如果房屋是夫妻共同财产，例如在婚姻关系存续期间购买，登记在夫妻双方名下或者虽然只登记在一方名下但属于婚后共同出资购买等情况。根据法律规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产一般属于夫妻共同财产，相应的因购买该房屋所产生的贷款也属于夫妻共同债务。

在分居期间，虽然夫妻双方处于分居状态，但婚姻关系仍然存续。一方用夫妻共同财产偿还贷款，实际上是用双方共有的资金在履行共同债务。在这种情况下，当涉及到财产分割时，另一方通常需要给予适当补偿。因为一方单独承担了贷款偿还义务，而另一方也对该房屋享有权益，所以从公平的角度出发，另一方应补偿对方相应的份额。

如果房屋是一方的个人财产，比如是一方在婚前购买且登记在自己名下，婚后用个人财产偿还贷款。那么在分居期间，若其用个人财产偿还贷款，另一方通常无需补偿。但如果婚后有部分还贷资金来源于夫妻共同财产，那么对于这部分用共同财产还贷及对应的房屋增值部分，在离婚时另一方有权要求分割补偿。

判断是否补偿还需考虑双方是否有关于财产的约定。如果夫妻双方在婚前或婚后有书面协议约定了财产的归属以及债务的承担方式，那么应按照协议来处理。

分居期间一方还贷款另一方是否应补偿财产，要综合房屋产权性质、还贷资金来源以及夫妻双方的约定等多方面因素来确定。

法律依据：

《中华人民共和国合伙企业法》 第四十五条

合伙协议约定合伙期限的，在合伙企业存续期间，有下列情形之一的，合伙人可以退伙：

（一）合伙协议约定的退伙事由出现；

（二）经全体合伙人一致同意；

（三）发生合伙人难以继续参加合伙的事由；

（四）其他合伙人严重违反合伙协议约定的义务。

《中华人民共和国合伙企业法》 第四十六条

合伙协议未约定合伙期限的，合伙人在不给合伙企业事务执行造成不利影响的情况下，可以退伙，但应当提前三十日通知其他合伙人。