分居认定离婚有协议离婚和诉讼离婚两种流程。协议离婚需夫妻双方就离婚事宜达成一致，共同到婚姻登记机关申请，经过冷静期等程序后领取离婚证；诉讼离婚则需一方向法院提起离婚诉讼，由法院审理判断是否符合因分居而准予离婚的条件。

首先来看协议离婚流程。协议离婚是夫妻双方自愿离婚的方式。第一步，夫妻双方要签订书面离婚协议，协议中需明确表明双方自愿离婚的意愿，同时对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致并作出合理安排。第二步，双方需亲自到一方户口所在地的婚姻登记机关申请离婚登记。第三步，自婚姻登记机关收到离婚登记申请并向当事人发放《离婚登记申请受理回执单》之日起三十日冷静期内，任何一方反悔不想离婚了，可以持本人有效身份证件和《离婚登记申请受理回执单》，向受理离婚登记申请的婚姻登记机关撤回离婚登记申请，并亲自填写《撤回离婚登记申请书》。经婚姻登记机关核实无误后，发给《撤回离婚登记确认单》，并将离婚协议书等相关材料存档。自离婚冷静期届满后三十日内，双方未共同到婚姻登记机关申请发给离婚证的，视为撤回离婚登记申请。第四步，冷静期届满后三十日内，双方应当持相关规定的证件和材料，共同到婚姻登记机关申请发给离婚证。婚姻登记机关对当事人的离婚申请进行审查，审查内容包括当事人的身份信息、离婚协议书等。对于符合离婚条件的，予以登记，发给离婚证。

再看诉讼离婚流程。第一步，准备诉讼材料，主要包括起诉状、结婚证、身份证、能证明夫妻分居事实的证据等。证据可以是分居协议、租房合同、居委会证明等。第二步，向有管辖权的法院提起离婚诉讼，一般是向被告住所地或经常居住地的基层人民法院提交诉讼材料。第三步，法院受理后会进行立案，并向被告送达起诉状副本等法律文书，安排开庭时间。第四步，在庭审过程中，原告需向法庭陈述夫妻感情破裂的事实和理由，尤其是分居的情况及时间等。被告进行答辩。双方可围绕争议焦点进行举证、质证。法院会根据双方提供的证据和陈述，判断是否符合因感情不和分居满二年这一法定离婚条件。根据《中华人民共和国民法典》规定，因感情不和分居满二年，调解无效的，应当准予离婚。第五步，如果法院认定夫妻感情确已破裂且调解无效，会作出准予离婚的判决；若不符合离婚条件，可能会判决不准离婚。当事人对判决不服的，可以在规定时间内上诉。

法律依据：

《中华人民共和国劳动法》 第四十四条

有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

（一）安排劳动者延长时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；

（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；

（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。