开发商逾期办证违约金的计算方式主要有约定和法定两种情况。若合同中有约定，按照合同约定的方式计算；若合同没有约定，则按照已付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。

在商品房买卖中，开发商负有协助购房者办理房屋产权证书的义务。当开发商逾期办证时，违约金的计算需依据具体情况而定。

有约定的情况：根据《民法典》规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。所以，如果购房合同中明确约定了开发商逾期办证违约金的计算方式，那么就按照合同约定来执行。例如，合同约定每逾期一日，开发商需按照购房款的万分之一支付违约金，若购房者购房款为100万元，逾期100天，那么违约金就是1000000×0.0001×100 = 10000元。

无约定的情况：如果合同没有约定违约金或者损失数额难以确定的，按照《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》规定，按照已付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息通常会在贷款基准利率的基础上上浮一定比例。在司法实践中，法院会根据具体案件情况，结合相关金融政策来确定具体的利率标准进行计算。

若开发商逾期办证给购房者造成了实际损失，且该损失大于合同约定的违约金数额，购房者可以主张按照实际损失要求开发商进行赔偿，但需要提供充分的证据证明实际损失的存在及具体数额。

法律依据：

《劳动保障监察条例》 第十四条

劳动保障监察以日常巡视检查、审查用人单位按照要求报送的书面材料以及接受举报投诉等形式进行。

劳动保障行政部门认为用人单位有违反劳动保障法律、法规或者规章的行为，需要进行调查处理的，应当及时立案。

劳动保障行政部门或者受委托实施劳动保障监察的组织应当设立举报、投诉信箱和电话。

对因违反劳动保障法律、法规或者规章的行为引起的群体性事件，劳动保障行政部门应当根据应急预案，迅速会同有关部门处理。