认罪认罚案件中，辩护人可以对证据提异议申诉。即使犯罪嫌疑人、被告人认罪认罚，辩护人仍有独立的辩护权，当认为证据存在问题时，有权提出异议并进行申诉。

在认罪认罚从宽制度中，虽然犯罪嫌疑人、被告人表示认罪认罚，但这并不意味着辩护人失去了其应有的权利和职责。辩护人具有独立的诉讼地位，其职责是根据事实和法律，提出犯罪嫌疑人、被告人无罪、罪轻或者减轻、免除其刑事责任的材料和意见，维护犯罪嫌疑人、被告人的诉讼权利和其他合法权益。

从法律依据角度，《中华人民共和国刑事诉讼法》等相关法律赋予了辩护人在刑事诉讼各阶段的辩护权利。在认罪认罚案件中，辩护人可以对证据的合法性、真实性、关联性进行审查。如果发现证据存在非法取得的情况，例如通过刑讯逼供、威胁、引诱等非法方法收集的证据，辩护人有权依据非法证据排除规则提出排除该证据的申请。对于证据的真实性存疑，如证人证言存在前后矛盾、书证可能被篡改等情况，辩护人也可以向司法机关提出异议，要求进一步核实。

从保障当事人合法权益角度，犯罪嫌疑人、被告人在认罪认罚时，可能由于各种原因未能准确认识到证据的问题。辩护人作为专业的法律人士，有能力对证据进行全面、深入的分析。通过对证据提出异议申诉，能够避免因证据问题导致的冤假错案，保障犯罪嫌疑人、被告人的合法权益。例如，在一些案件中，可能存在关键证据不足，但犯罪嫌疑人因心理压力等因素而认罪认罚的情况，此时辩护人对证据提出异议申诉，有助于司法机关查明事实真相。

从司法公正角度，辩护人对证据提异议申诉可以促进司法机关更加审慎地审查证据，确保每一个案件都能做到事实清楚、证据确实充分。这有助于维护司法公正和法律的正确实施，使认罪认罚从宽制度在合法、公正的轨道上运行。即使犯罪嫌疑人、被告人认罪认罚，司法机关也不能忽视证据的审查，辩护人提出的异议申诉是对司法机关审查证据工作的一种监督和补充。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第三十七条

辩护人的责任是根据事实和法律，提出犯罪嫌疑人、被告人无罪、罪轻或者减轻、免除其刑事责任的材料和意见，维护犯罪嫌疑人、被告人的诉讼权利和其他合法权益。

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第四十一条

辩护人认为在侦查、审查起诉期间公安机关、人民检察院收集的证明犯罪嫌疑人、被告人无罪或者罪轻的证据材料未提交的，有权申请人民检察院、人民法院调取。