检察院起诉后证据不足，在不同阶段有不同处理方式，在法院审判阶段，法院可能作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决；在审查起诉阶段，检察院可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查，经补充侦查后仍然证据不足的，可作出不起诉决定。

在刑事诉讼中，检察院作为公诉机关承担着举证责任，要向法院提供充分的证据证明被告人有罪。如果起诉后证据不足，具体处理情况如下。

审查起诉阶段：依据《中华人民共和国刑事诉讼法》规定，人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。如果经过二次补充侦查，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这种不起诉称为存疑不起诉，被不起诉人在押的，应当立即释放。

审判阶段：当案件进入审判阶段，如果检察院出示的证据不足，不能认定被告人有罪的，根据疑罪从无的原则，法院应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。这是为了保障被告人的合法权益，避免冤假错案的发生。比如在一些复杂的经济犯罪案件中，涉及大量的账目和交易记录，如果检察院无法提供完整、清晰的证据链来证明被告人的犯罪行为，法院就可能作出无罪判决。

检察院起诉后证据不足时，会有相应的法律程序和处理机制来保障司法的公正和当事人的合法权益。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十条

人民检察院对于监察机关移送起诉的案件，依照本法和监察法的有关规定进行审查。人民检察院经审查，认为需要补充核实的，应当退回监察机关补充调查，必要时可以自行补充侦查。

对于监察机关移送起诉的已采取留置措施的案件，人民检察院应当对犯罪嫌疑人先行拘留，留置措施自动解除。人民检察院应当在拘留后的十日以内作出是否逮捕、取保候审或者监视居住的决定。在特殊情况下，决定的时间可以延长一日至四日。人民检察院决定采取强制措施的期间不计入审查起诉期限。