公司车肇事赔偿和个人车肇事赔偿在赔偿责任主体、赔偿资金来源、处理流程等方面存在区别。

赔偿责任主体不同。个人车肇事，通常由车辆所有人即车主承担赔偿责任。若车主与实际驾驶人不一致，如车辆借用、租赁等情况，一般由实际驾驶人承担赔偿责任，但车主存在过错时，如明知驾驶人无驾驶资格仍出借车辆等，也需承担相应的赔偿责任。而公司车肇事，一般情况下，是由公司承担赔偿责任。因为公司员工驾驶公司车辆执行工作任务时，属于职务行为，根据法律规定，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。

赔偿资金来源不同。个人车肇事赔偿，赔偿资金通常来源于个人的财产，比如个人存款、名下的其他资产等。而公司车肇事赔偿，赔偿资金来源于公司的财产，如公司的运营资金、专项赔偿准备金等。

处理流程不同。个人车肇事，处理流程相对较为简单直接，主要是车主或驾驶人与受害者进行协商赔偿事宜，若协商不成则可能通过民事诉讼解决。在保险理赔方面，一般由车主自行联系保险公司进行理赔。而公司车肇事，处理流程相对复杂。公司通常有一套内部的处理机制，可能需要先向公司相关部门报告，由公司安排专人负责处理后续事宜。在保险理赔时，可能需要公司提供更多的证明材料，如车辆的使用记录、员工的工作安排等。

在社会影响方面也有差异。公司车肇事可能会对公司的形象和声誉产生影响，尤其是一些大型企业或知名企业，肇事事件可能会引起媒体和公众的关注。而个人车肇事主要影响的是个人的信用和声誉。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千一百九十一条

用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。用人单位承担侵权责任后，可以向有故意或者重大过失的工作人员追偿。劳务派遣期间，被派遣的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由接受劳务派遣的用工单位承担侵权责任；劳务派遣单位有过错的，承担相应的责任。