南京公积金转移到新公司办理分为同城转移和异地转移。同城转移一般通过单位办理，由新单位操作；异地转移可通过线上渠道如全国住房公积金小程序等办理，也可线下到公积金服务网点办理。

同城转移

当职工在南京范围内更换工作单位时，公积金的转移属于同城转移。通常情况下，这一过程由单位负责办理。新单位在为职工办理公积金账户设立或启封手续时，会同时申请将职工原公积金账户转移至本单位。具体操作流程为，新单位的公积金经办人员登录南京住房公积金管理中心的网上办事大厅，进入相关业务模块，按照系统提示填写职工的相关信息，包括原单位公积金账号、职工个人公积金账号等，提交转移申请。公积金管理中心审核通过后，即可完成转移，将职工的公积金账户金额从原单位账户转移到新单位账户下。

异地转移

线上办理：职工可以通过全国住房公积金小程序办理异地转移接续业务。打开全国住房公积金小程序，进行注册登录，完成实名认证。然后在小程序首页点击“转移接续”，进入申请页面，按照系统提示填写相关信息，如原缴存地公积金中心名称、原公积金账号、现缴存地公积金中心名称、现公积金账号等，并上传相关证明材料。提交申请后，等待审核。审核通过后，公积金管理中心会与原公积金缴存地管理中心进行对接，完成资金和账户信息的转移。

线下办理：职工也可以选择到南京公积金服务网点办理。需要携带本人身份证原件，前往公积金服务网点的业务窗口，向工作人员提出异地转移申请，并填写《住房公积金异地转移接续申请表》。工作人员会对提交的材料进行审核，审核通过后，将申请信息录入系统，并与原公积金缴存地管理中心联系，完成转移手续。

法律依据：

《住房公积金管理条例》 第十五条

单位录用职工的，应当自录用之日起30日内到住房公积金管理中心办理缴存登记，并持住房公积金管理中心的审核文件，到受委托银行办理职工住房公积金账户的设立或者转移手续。

单位与职工终止劳动关系的，单位应当自劳动关系终止之日起30日内到住房公积金管理中心办理变更登记，并持住房公积金管理中心的审核文件，到受委托银行办理职工住房公积金账户转移或者封存手续。