企业变更法人时，处理债务最好的方式是在变更前全面清查债务，明确债务范围和金额；变更过程中依法进行登记公示，确保交易相对人知晓；变更后由变更后的企业继续承担债务，同时可通过协议明确原法人和新法人之间的责任分担。

在企业变更法人之前，进行全面的债务清查是非常关键的一步。这意味着要对企业的各类债务进行详细梳理，包括但不限于银行贷款、应付账款、未缴纳的税费等。通过查阅财务报表、合同协议等资料，准确确定债务的具体情况。只有清楚了解企业的债务状况，才能为后续的处理工作奠定基础。

在变更过程中，依法进行登记公示是必不可少的。根据相关法律法规，企业变更法人需要到工商行政管理部门等相关机构办理变更登记手续。在这个过程中，要如实提供企业的债务信息，并按照规定进行公示。这样做的目的是让企业的交易相对人能够及时知晓企业法人的变更情况，保障他们的知情权和合法权益。同时，也可以避免因信息不透明而引发的纠纷和风险。

关于债务的承担问题，根据法律规定，企业法人变更并不影响企业债务的承担主体。变更后的企业仍然要对原企业的债务负责。这是因为企业是一个独立的法人实体，其债务是与企业本身相关联的，而不是与法人个人相关联。所以，即使法人发生了变更，企业的债务责任并不会因此而改变。

为了避免原法人和新法人之间可能出现的纠纷，双方可以通过签订协议的方式明确责任分担。在协议中，可以约定对于某些特定债务的承担方式和比例。例如，如果原法人在经营过程中因特定事项产生了债务，双方可以协商由原法人承担相应的偿还责任。但需要注意的是，这种协议只在双方之间具有约束力，不能对抗企业的债权人。也就是说，债权人仍然有权要求变更后的企业承担全部债务，企业在承担债务后，可以根据协议向原法人进行追偿。

企业在变更法人处理债务的过程中，要严格遵守相关法律法规，确保每一个环节都合法合规。如果涉及到重大债务问题或法律纠纷，建议及时咨询专业律师，以获得准确的法律建议和指导，保障企业的合法权益和正常运营。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第三条

公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。

有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。

《中华人民共和国公司法》 第四条

公司股东依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。