注册资金减少变更申请流程通常包括内部决策、编制资产负债表及财产清单、通知债权人、公告、申请变更登记、领取新营业执照等步骤。

内部决策阶段。公司需要召开股东会或股东大会，对减少注册资本作出决议。根据《公司法》规定，有限责任公司减少注册资本的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过；股份有限公司减少注册资本的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。这是确保公司重大决策得到多数股东认可的重要程序。

接着要编制资产负债表及财产清单。公司需要详细统计自身的资产和负债情况，这是为了让公司及债权人清晰了解公司的财务状况，以便后续进行相应的安排。

通知债权人并进行公告。公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。这一步骤是为了保护债权人的合法权益，确保他们在公司减少注册资本时能够及时了解情况并采取相应措施。

之后进行申请变更登记。公司减少注册资本，应当依法向公司登记机关提交相关文件申请变更登记。需要提交的文件通常包括公司法定代表人签署的变更登记申请书、依照《公司法》作出的变更决议或者决定、修改后的公司章程或者公司章程修正案等。

领取新营业执照。公司登记机关经过审核，对符合规定的，予以办理变更登记，公司领取新的营业执照，此时注册资金减少变更程序完成。整个注册资金减少变更申请流程需要严格按照法律法规的要求进行，以保障公司和相关利益方的合法权益。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第一百七十七条

公司需要减少注册资本时，必须编制资产负债表及财产清单。

公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。

第一百七十八条

有限责任公司增加注册资本时，股东认缴新增资本的出资，依照本法设立有限责任公司缴纳出资的有关规定执行。

股份有限公司为增加注册资本发行新股时，股东认购新股，依照本法设立股份有限公司缴纳股款的有关规定执行。