分居两年起诉离婚，法院适用简易程序审理的，一般在三个月内判决；适用普通程序审理的，通常在六个月内判决。不过，最终是否判决离婚要依据具体情况而定，且分居两年并不必然导致法院判决离婚。

关于法院审理案件的期限。根据《中华人民共和国民事诉讼法》规定，人民法院适用简易程序审理案件，应当在立案之日起三个月内审结。这意味着如果案件事实较为清楚、权利义务关系明确、争议不大，法院会采用简易程序，一般三个月内会有判决结果。而适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内审结。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准，可以延长六个月；还需要延长的，报请上级人民法院批准。

分居两年起诉离婚并不一定能在上述期限内就判决离婚。法院判决离婚的法定条件是夫妻感情确已破裂。分居两年只是判断夫妻感情是否破裂的一个参考因素，但不是唯一标准。依据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条规定，因感情不和分居满二年，调解无效的，应当准予离婚。这里强调的是“因感情不和分居”，如果不是因为感情不和而分居，比如因工作等其他原因分居两年，法院不一定会据此判决离婚。

在实际诉讼过程中，当事人需要向法院提供充分的证据证明因感情不和分居满两年，比如分居协议、租房合同、证人证言等。同时，即使满足分居两年的条件，法院在审理时也会先进行调解。如果调解和好，案件就会终结；只有调解无效，且认定夫妻感情确已破裂的情况下，才会判决准予离婚。所以，分居两年起诉离婚的判决时间不仅受审理程序期限的影响，更取决于案件的具体情况和法院对夫妻感情是否破裂的认定。

法律依据：

《中华人民共和国民事诉讼法》 第一百五十二条

人民法院适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内审结。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准，可以延长六个月；还需要延长的，报请上级人民法院批准。

《中华人民共和国民事诉讼法》 第一百六十四条

人民法院适用简易程序审理案件，应当在立案之日起三个月内审结。有特殊情况需要延长的，经本院院长批准，可以延长一个月。