软件著作权侵权行为可以通过协商、调解、仲裁、诉讼等方式处理，也可以向著作权行政管理部门投诉，由其进行行政处罚。

当遇到软件著作权侵权行为时，有多种处理途径可供选择。

协商解决。这是较为温和的一种方式，侵权者和著作权人可以直接就侵权问题进行沟通。双方可以就赔偿金额、停止侵权行为的方式等内容进行协商。这种方式的优点在于能节省时间和成本，避免繁琐的法律程序，同时也有利于维护双方的商业关系。如果双方能够达成一致意见，签订和解协议，侵权行为可以得到及时制止，著作权人的损失也能得到相应补偿。

调解也是常见的途径之一。可以由第三方机构，如著作权保护协会等，作为中立的调解人介入。调解人会根据双方的情况，提出合理的解决方案，促使双方达成调解协议。调解具有灵活性和专业性，调解人通常对著作权领域比较熟悉，能够更准确地把握双方的利益平衡点，有助于高效解决纠纷。

仲裁适用于双方在事前或事后达成了仲裁协议的情况。仲裁机构会根据相关证据和法律规定进行裁决。仲裁具有保密性强、程序相对简便、裁决执行力度大等特点。一旦仲裁裁决作出，双方都需要遵守，否则可以通过法院强制执行。

诉讼是最具强制力的解决方式。著作权人可以向有管辖权的法院提起民事诉讼，要求侵权者承担停止侵权、赔偿损失等民事责任。在诉讼过程中，法院会依据相关法律法规和证据进行审理。对于侵权情节严重的，还可能涉及刑事责任。著作权行政管理部门有权对侵权行为进行查处。著作权人可以向其投诉，行政管理部门可以责令停止侵权行为，没收违法所得，没收、销毁侵权复制品，并可处以罚款；情节严重的，还可以没收主要用于制作侵权复制品的材料、工具、设备等。

法律依据：

《著作权法》 第六十条

著作权纠纷可以调解，也可以根据当事人达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。

当事人没有书面仲裁协议，也没有在著作权合同中订立仲裁条款的，可以直接向人民法院起诉。

第六十一条

当事人因不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定而承担民事责任，以及当事人行使诉讼权利、申请保全等，适用有关法律的规定。