农村房屋办房产证多出面积的处理和办理方式需根据多出面积的不同情况来确定，不同情形下有不同的处理办法，可能涉及缴纳费用、重新审批等。

1. 合法范围内的合理误差。在农村建房过程中，由于测量等原因可能存在一定的合理误差。若多出面积在当地规定的合理误差范围内，一般可正常办理房产证。比如有些地区规定误差在3%以内属于合理范围，这种情况下，按照正常的房产登记流程，提交相关的建房审批文件、宅基地使用证明、房屋测绘报告等资料，相关部门审核通过后就能办理房产证，多出的面积也会在证上如实登记。

2. 超占但符合分户条件。如果是因为家庭人口增多等原因，超占面积但符合当地分户建房条件而未分户的。这种情况可以先申请分户，然后对超出部分按照规定进行审批。经相关部门批准后，超出面积部分可视为合法，再一并办理房产证。例如，某户家庭原本有父母和两个成年子女共4人，按照当地规定人均宅基地面积标准，超占了一定面积，若子女已成年符合分户条件，分户后重新确定宅基地面积，就可以正常办理房产证。

3. 未经批准超占面积。要是超占面积是未经合法审批的，处理相对复杂。首先需要向当地村委会和相关土地管理部门说明情况，申请对超占部分进行处理。可能需要缴纳一定的费用，类似于土地使用费等。若超占面积严重影响乡村规划等，可能会被要求拆除超出部分。只有在经过妥善处理，相关部门认可后，才能办理房产证。比如超占面积位于规划的道路预留用地范围内，那大概率要拆除；若不影响规划，缴纳费用后有可能保留并办理登记。

农村房屋办房产证多出面积的办理要依据具体情况，遵循当地的政策法规和相关程序来进行。

法律依据：

《土地管理法》 第六十二条

农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。