小产权房和三产房在土地性质、合法性、建设目的、交易风险等方面存在明显区别。

从土地性质来看，小产权房通常是在农村集体土地，如宅基地、集体建设用地等上面建设的房屋。而三产房是利用农村集体土地中的集体经营性建设用地建设的房屋，这类土地有明确的用途规划，用于商业、工业等经营性活动。

合法性上，小产权房一般未经过合法的规划、建设审批手续，违反了相关土地管理和城乡规划法律法规，没有合法合规的产权证书。三产房如果按照规定履行了相关审批程序，取得了合法建设手续，在一定程度上具有合法性，但目前部分三产房存在违规建设的情况。

建设目的方面，小产权房多是自发建设，部分是村民为了自住，部分是用于出售获利。三产房是为了解决被征地农民的生产生活出路问题，由政府引导，村集体组织建设，旨在为村民提供稳定的经济收入来源，一般用于商业经营、租赁等。

交易风险上，小产权房由于没有合法产权，买卖不受法律保护，购买者无法获得房屋的合法产权，面临房屋被拆除、无法办理过户等风险，一旦发生纠纷，购房者的权益难以得到有效保障。三产房虽然理论上有一定合法性，但由于市场上存在较多不规范操作，如开发商资金链断裂导致烂尾、无法按时交付等问题，交易也存在较大风险。而且三产房一般不能像商品房一样自由上市交易，其流转受到一定限制。

在配套设施方面，小产权房通常缺乏统一的规划和建设管理，周边的基础设施和公共服务配套往往不完善，如道路、水电、学校、医院等配套设施可能无法满足居民的正常生活需求。三产房如果是合法合规建设，会在一定程度上考虑配套设施的建设，但相比正规的商品房小区，可能在配套的质量和完善程度上仍有差距。

法律依据：

《城市房地产管理法》 第六十一条

以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方人民政府土地管理部门申请登记，经县级以上地方人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府颁发土地使用权证书。在依法取得的房地产开发用地上建成房屋的，应当凭土地使用权证书向县级以上地方人民政府房产管理部门申请登记，由县级以上地方人民政府房产管理部门核实并颁发房屋所有权证书。房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。法律另有规定的，依照有关法律的规定办理。