农村房屋产权纠纷一般适用三年的诉讼时效期间，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

在我国，根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。对于农村房屋产权纠纷，通常遵循这一普遍的诉讼时效规定。也就是说，当农村房屋产权相关的权利人发现自己的产权受到侵害，比如他人非法占有房屋、擅自变更产权登记等情况，并且明确知道侵权的义务人是谁时，就开始计算这三年的诉讼时效。

需要强调的是，诉讼时效的起算点是权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日。“知道”比较容易理解，就是权利人明确知晓自己的房屋产权权益被侵犯。而“应当知道”是一种法律上的推定，即使权利人实际上可能并未察觉权利受损，但根据一般的社会经验和合理的注意义务，其应当能够发现权利受到侵害的情况，此时也开始计算诉讼时效。

同时，法律还规定了一个最长的保护期限，即自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。这是为了维护社会经济秩序的稳定，避免因年代过于久远的纠纷影响正常的社会交易和生活秩序。不过，如果存在特殊情况，人民法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效。这里的特殊情况并没有明确的法律列举，通常由法院根据具体案件的事实和情况进行综合判断。例如，可能存在不可抗力、权利人处于无民事行为能力或限制民事行为能力状态且没有法定代理人等特殊情形。

在农村房屋产权纠纷中，了解诉讼时效的相关规定至关重要。权利人应当及时关注自己的权利状态，一旦发现纠纷，及时采取措施维护自己的合法权益，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。

法律依据：

《民法典》 第一百八十八条

向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。