公司合并注销税务流程一般包括向税务机关提出申请、进行税务清算、提交相关资料、接受税务检查、完成税务注销等步骤。

提出申请。在公司合并决议作出之日起规定时间内，相关人员要到主管税务机关提出税务注销申请。这是启动整个税务注销流程的第一步，需要确保申请信息准确无误，按照税务机关的要求填写申请表等文件。

开展税务清算。税务清算至关重要，要全面清理公司的各项税务事项。包括但不限于结算应纳税款、多退（免）税款、滞纳金和罚款，核查发票的使用和结存情况等。对公司的资产、负债进行盘点，确定应税项目和免税项目，计算出准确的应纳税额。比如，清查公司的存货是否需要缴纳增值税，固定资产的处置是否涉及所得税等。

准备并提交资料。需准备一系列资料，如注销税务登记申请审批表、上级主管部门批复文件或董事会决议及复印件、营业执照被吊销的应提交工商行政管理部门发出的吊销决定及复印件等。将这些资料整理齐全后提交给税务机关，资料的完整性和准确性会影响税务注销的进度。

之后，接受税务检查。税务机关会对公司提交的清算报告和相关资料进行审核，可能还会实地检查公司的账务情况。检查公司的纳税申报是否真实、准确，有无偷税、漏税等违法行为。如果发现问题，公司需要按照税务机关的要求进行整改和补缴税款。

完成税务注销。当税务机关确认公司的税务事项已全部结清，相关检查无误后，会出具税务注销证明，至此公司的税务注销流程完成。完成税务注销后，还需及时办理工商注销等其他相关手续，以确保公司合法退出市场。

法律依据：

《中华人民共和国税收征收管理法》 第十六条

从事生产、经营的纳税人，税务登记内容发生变化的，自工商行政管理机关办理变更登记之日起三十日内或者在向工商行政管理机关申请办理注销登记之前，持有关证件向税务机关申报办理变更或者注销税务登记。