对于正在怀孕的非法行医者，一般会采取取保候审或监视居住等非羁押性强制措施，在案件侦查、审查起诉、审判阶段会正常推进，若被判定有罪，在量刑时怀孕这一情况可能会作为考量因素，刑罚执行方面可能会暂予监外执行。

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》规定，对怀孕或者正在哺乳自己婴儿的妇女，采取取保候审不致发生社会危险性的，可以取保候审。对于正在怀孕的非法行医者，司法机关通常会基于人道主义和保障胎儿健康发育等因素，对其采取取保候审措施，而非进行羁押。这意味着非法行医者在缴纳保证金或者提供保证人后，在保证遵守相关规定的前提下，可以在外面等待案件的进一步处理。

案件的侦查、审查起诉和审判工作并不会因为非法行医者怀孕而停止。公安机关会继续对非法行医的犯罪事实进行侦查，收集相关证据。之后，检察机关会根据侦查结果决定是否提起公诉。如果提起公诉，法院会正常开庭审理该案件。在审判过程中，怀孕这一情节本身并不会影响对非法行医行为的定罪，但可能会在量刑时被法院作为一个酌情考虑的因素。

如果非法行医者最终被判定有罪，需要执行刑罚时，根据法律规定，对于被判处有期徒刑或者拘役的罪犯，怀孕或者正在哺乳自己婴儿的妇女，可以暂予监外执行。暂予监外执行期间，由居住地社区矫正机构负责执行，基层组织或者罪犯的原所在单位协助进行监督。

当怀孕的非法行医者分娩后，若其身体状况符合收监条件，可能会被收监执行剩余的刑期。对于怀孕的非法行医者，法律会在保障其合法权益的同时，确保司法程序的正常进行和法律的公正实施。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》 第三百三十六条

未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。

未取得医生执业资格的人擅自为他人进行节育复通手术、假节育手术、终止妊娠手术或者摘取宫内节育器，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。