公路客运车超员的处罚根据超员比例不同而有所不同，一般会面临罚款、扣分，严重的可能扣留机动车驾驶证、吊销机动车驾驶证。

依据《中华人民共和国道路交通安全法》和《道路交通安全违法行为记分管理办法》，公路客运车超员处罚具体如下。

对于超员未达20%的情况，根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，一次记3分。同时，按照《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条规定，公路客运车辆载客超过额定乘员的，处二百元以上五百元以下罚款。

若超员20%以上未达50%，一次记6分。并且，公路客运车辆载客超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，处五百元以上二千元以下罚款。

当超员50%以上未达100%时，一次记9分。同样，这种超员情况也适用处五百元以上二千元以下罚款的规定。

要是超员100%以上，一次记12分。还是要面临处五百元以上二千元以下罚款。若经处罚后仍不改的，对直接负责的主管人员处二千元以上五千元以下罚款。

公安机关交通管理部门会根据具体情况，对超载的客运车辆进行处理。对于超载的车辆，会要求其消除违法状态，即转运超载的乘客。如果超载情况严重，还可能扣留机动车驾驶证，甚至吊销机动车驾驶证。

公路客运车超员是非常危险的行为，会严重影响车辆的操控性能和制动效果，增加发生交通事故的风险。为了自己和他人的生命安全，客运车辆驾驶员应严格遵守载客规定，不超员行驶。

法律依据：

《道路交通安全违法行为记分管理办法》 第十条

机动车驾驶人有下列交通违法行为之一，一次记6分：

（一）驾驶校车、公路客运汽车、旅游客运汽车载人超过核定人数未达到百分之二十，或者驾驶7座以上载客汽车载人超过核定人数百分之二十以上未达到百分之五十，或者驾驶其他载客汽车载人超过核定人数百分之五十以上未达到百分之百的；

（二）驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速未达到百分之二十，或者在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速百分之二十以上未达到百分之五十的。