股东股权变更流程主要包括内部决议、签署协议、办理工商变更登记等步骤。

内部决议阶段。公司应召开股东会或股东大会，对股权变更事宜进行讨论并形成有效决议。这是因为股权变更涉及公司的股权结构调整，属于公司的重大事项，需要经过一定的决策程序。有限责任公司需经代表三分之二以上表决权的股东通过，股份有限公司需经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。决议的内容应明确股权变更的双方、变更的股权比例、价格等关键信息。

签署股权转让协议。股权变更双方需签订正式的股权转让协议，明确双方的权利和义务。协议中应包含转让股权的数量、价格、支付方式、支付时间、违约责任等条款。在签订协议前，出让方应确保其对所转让的股权拥有完整的所有权，不存在任何权利瑕疵。受让方应仔细审查协议条款，确保自身权益得到充分保障。同时，根据相关规定，股权转让协议可能需要进行公证或见证，以增强其法律效力。

办理工商变更登记。这是股权变更流程中的重要环节。公司需在规定的时间内，向工商行政管理部门提交相关文件，申请办理股权变更登记手续。所需提交的文件通常包括公司法定代表人签署的《公司变更登记申请书》、股东会决议、股权转让协议、新股东的身份证明等。工商行政管理部门在收到申请后，会对提交的文件进行审核。审核通过后，会对公司的登记事项进行变更，并换发新的营业执照。

还可能涉及税务申报。股权变更可能会产生个人所得税或企业所得税等税务问题。出让方应按照税法规定，及时申报并缴纳相应的税款。在一些地区，税务部门会对股权转让的价格进行评估，以确保税款的准确征收。因此，在进行股权变更时，相关方应提前了解税务政策，做好税务规划。

公司还需对内部的股东名册等进行相应的变更，以反映股权变更的实际情况。这有助于公司准确记录股东信息，保障股东的合法权益。同时，及时更新公司的档案资料，也有利于公司的规范管理和后续运营。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第七十一条

有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。

股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。

经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。

公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。