孕妇旷工离职办理需要遵循相关法律法规和公司规章制度。一般来说，要先确定旷工事实，依据规定通知孕妇，之后办理离职手续并做好后续交接等事宜。

公司要确定孕妇旷工的事实。这需要有明确的考勤记录作为依据，如打卡记录、签到表等书面材料，以证明孕妇确实存在旷工行为。公司的规章制度应明确规定旷工的定义和界限，比如连续旷工几天或者在一定周期内累计旷工达到多少天属于严重违反公司规定。

公司应根据规章制度向孕妇发出通知。通知应以书面形式进行，内容要清晰告知孕妇其旷工的事实、违反的具体规章制度条款以及公司将采取的措施。通知可以通过邮寄、电子邮件或者直接送达等方式，确保孕妇能够收到。在通知中，要给予孕妇一定的时间进行申辩和解释，保障其合法权益。

若孕妇未在规定时间内进行有效申辩或者申辩理由不成立，公司可以按照规定作出解除劳动合同的决定。作出决定后，要再次以书面形式通知孕妇，明确解除劳动合同的具体时间、原因和依据。

接下来是办理离职手续。公司需要为孕妇办理工作交接，包括收回工作设备、资料等，确保公司业务的正常进行。同时，要按照法律规定结算孕妇的工资、奖金、加班费等劳动报酬，以及办理社保和公积金的减员手续。

根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，虽然孕妇享有一定的特殊保护，但如果其严重违反公司规章制度，公司有权解除劳动合同。不过，公司在整个处理过程中要严格依法依规进行，避免出现劳动纠纷。公司还应妥善保存相关的证据材料，以备可能出现的劳动仲裁或者诉讼之需。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》 第三十九条

劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：

（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；

（二）严重违反用人单位的规章制度的；

（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；

（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；

（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；

（六）被依法追究刑事责任的。