分居三年后离婚，最好先尝试协议离婚，若协议不成则通过诉讼离婚。协议离婚高效便捷，双方能和平解决问题；诉讼离婚则适用于无法达成协议的情况，由法院依法判决。

协议离婚。这是一种较为理想的离婚方式。夫妻双方可以就离婚相关事宜，如子女抚养、财产分割、债务分担等进行充分协商。在分居三年的情况下，双方对彼此的生活状态和感情状况应该有了较为清晰的认识，相对更容易达成一致意见。

协议离婚的流程较为简单。双方需签订书面离婚协议，该协议要明确表达双方自愿离婚的意愿，以及对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致的意见。双方携带本人的户口簿、身份证、结婚证以及离婚协议书，共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。自婚姻登记机关收到离婚登记申请并向当事人发放《离婚登记申请受理回执单》之日起三十日内，任何一方反悔都可以持本人有效身份证件和《离婚登记申请受理回执单》，向受理离婚登记申请的婚姻登记机关撤回离婚登记申请，并亲自填写《撤回离婚登记申请书》。经婚姻登记机关核实无误后，发给《撤回离婚登记确认单》，并将离婚登记申请书及相关材料归档。自离婚冷静期届满后三十日内，双方未共同到婚姻登记机关申请发给离婚证的，视为撤回离婚登记申请。冷静期届满后，双方再共同到婚姻登记机关申请发给离婚证，经审查符合条件的，予以登记，发给离婚证。

若双方无法就离婚相关事宜达成协议，那么就需要通过诉讼离婚。诉讼离婚时，分居三年可以作为夫妻感情破裂的一个重要证据。当事人需要向有管辖权的法院提起离婚诉讼，提交起诉状和相关证据，如分居证明等。法院会先进行调解，调解无效的，会根据具体情况进行审理和判决。在财产分割方面，法院会遵循照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决；对于子女抚养问题，法院会从有利于子女身心健康，保障子女的合法权益出发，结合父母双方的抚养能力和抚养条件等具体情况妥善解决。

无论是协议离婚还是诉讼离婚，都应该保持理性和冷静，以合法、合理的方式处理离婚事宜，尽量减少对双方及子女的伤害。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十六条

夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。

离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。