醉驾免于起诉，单位的处理方式需依据单位性质、内部规章制度来确定。一般来说，可能会进行批评教育、警告、记过等处分，也可能不做处理，而对于公职人员所在单位，通常会给予相应政务处分。

对于企业单位，处理方式会因企业的性质和内部规定而有所不同。如果是民营企业，企业具有较大的自主权。一些企业可能会考虑到员工的工作表现、平时的品德等多方面因素。若员工平时工作表现良好，此次醉驾只是偶发事件，企业可能会对其进行批评教育，提醒其注意遵守法律法规，避免类似情况再次发生。而有些企业，尤其是对员工形象、纪律要求较高的企业，可能会根据内部规章制度给予警告、记过等处分。如果企业内部规定将此类违法行为视为严重违反公司纪律，甚至可能会解除劳动合同。

对于国有企业，其处理相对较为严格和规范。国有企业通常有明确的员工行为准则和纪律处分办法。醉驾虽然免于起诉，但依然违反了法律法规，国有企业可能会根据情节轻重给予相应的纪律处分，如警告、记过、降职等。这不仅是对员工个人的一种惩戒，也是为了维护企业的良好形象和正常的工作秩序。

对于公职人员所在单位，依据《中华人民共和国公职人员政务处分法》，公职人员犯罪，情节轻微，人民检察院依法作出不起诉决定或者人民法院依法免予刑事处罚的，予以撤职；造成不良影响的，予以开除。所以公职人员醉驾免于起诉，所在单位一般会根据具体情况给予撤职等政务处分，如果造成了不良影响，则可能会被开除。不同性质的单位会根据自身的特点和规定对醉驾免于起诉的员工进行相应处理。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第十六条

有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

（二）犯罪已过追诉时效期限的；

（三）经特赦令免除刑罚的；

（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；

（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；

（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。