不签三方协议直接签劳动合同通常没有负面影响，反而在一定程度上能更明确地保障劳动者权益，但可能会影响毕业生一些特定权益。

三方协议是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。而劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。

积极影响方面：劳动合同依据《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规制定，直接签订劳动合同能更清晰地明确劳动者和用人单位之间的权利和义务关系。一旦双方出现劳动纠纷，劳动合同是重要的法律依据，能更好地保障劳动者的合法权益。例如在工资待遇、工作时间、休息休假、劳动保护等方面，劳动合同会有详细的约定。

可能存在的影响方面：对于毕业生而言，不签三方协议可能会对档案和户口迁移产生一定影响。三方协议中会涉及到毕业生档案和户口的迁移地址等信息，学校通常会依据三方协议来办理相关手续。如果不签三方直接签劳动合同，档案和户口的迁移可能需要毕业生自行与学校、用人单位和相关户籍管理部门沟通办理，手续可能会相对繁琐。一些地方对于毕业生会有特定的就业政策和福利，这些政策和福利的享受可能与三方协议的签订相关。例如某些城市为了吸引人才，会为签订三方协议并在当地就业的毕业生提供住房补贴、创业扶持等优惠政策，不签三方可能就无法享受这些政策。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》 第十条

建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。

已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。

用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。