城镇户口在农村有房办理房产证，要依据不同情况处理。若房屋是合法继承取得，可按规定办理；若为违规购买宅基地建房等情况则较难办理。一般需完成提出申请、相关部门实地勘察与审核、公告无异议后登记发证等步骤。

要明确不同情形下的处理方式。如果城镇户口人员的房屋是通过合法继承农村父母的房屋而获得，根据“地随房走”原则，虽不拥有宅基地所有权，但可拥有房屋所有权和宅基地的使用权，这种情况下是可以办理房产证的。但如果是城镇户口人员违规购买农村宅基地并建房，由于违反了相关规定，通常是无法办理房产证的。

办理房产证的具体流程如下：第一步是提出申请。城镇户口持有者需要准备好相关材料，如身份证、户口本、宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明、申请登记房屋符合城乡规划的证明、房屋测绘报告或者村民住房平面图等，向当地的不动产登记机构或者乡镇政府提出办理房产证的申请。

第二步，相关部门会进行实地勘察与审核。相关工作人员会到实地对房屋的实际情况进行勘察，核实房屋的面积、位置等信息是否与申请材料一致。同时，会对申请人提交的材料进行审核，查看是否齐全、真实有效。

第三步，进行公告。若审核通过，会对该房屋办理房产证的相关信息进行公告，公告期内无异议或者异议不成立的，才会进入下一步。

第四步，登记发证。经过前面的步骤后，不动产登记机构会将房屋的相关信息记载于不动产登记簿，并向申请人颁发不动产权证书，即完成了房产证的办理。需要注意的是，各地在具体的办理流程和要求上可能会存在一定差异，在办理前最好先咨询当地的相关部门，以确保顺利办理。

法律依据：

《土地管理法》 第六十二条

农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。