非法行医主要由卫生健康行政部门管理，公安机关、市场监管部门等在各自职责范围内也会参与相关管理工作。

卫生健康行政部门是对非法行医进行管理的主要部门。依据《医疗机构管理条例》《执业医师法》等相关法律法规，其负责对医疗机构和医务人员的执业活动进行监督检查。卫生健康行政部门有权对非法行医行为进行调查核实，对于未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业，或者医师未经注册在医疗机构外开展诊疗活动等非法行医情形，可依法作出相应处罚，如责令其停止执业活动，没收违法所得和药品、器械，并根据情节处以罚款等。例如，卫生健康部门的卫生监督机构会定期开展专项整治行动，对辖区内的医疗市场进行排查，打击非法行医行为，以保障医疗服务市场的规范和安全。

公安机关在非法行医管理中也发挥着重要作用。当非法行医行为涉嫌犯罪时，如造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康等，就会由公安机关介入处理。根据《刑法》第三百三十六条规定，未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，构成非法行医罪，公安机关会依法进行立案侦查，追究相关人员的刑事责任。

市场监管部门在一定程度上也参与非法行医的管理。一些非法行医者可能会通过虚假宣传等手段吸引患者，市场监管部门有权对这类涉及虚假宣传、不正当竞争等违反市场监管法律法规的行为进行查处。比如，若非法行医者在广告中夸大疗效、虚假宣传医疗服务，市场监管部门可依据《广告法》等相关规定对其进行处罚。

食品药品监管部门对于非法行医过程中涉及的药品、医疗器械的使用和销售等情况进行监管。如果非法行医者使用假药、劣药或者无合格证明的医疗器械等，食品药品监管部门可依照相关法律法规进行处理。各部门之间相互协作、形成合力，共同打击非法行医行为，维护医疗市场秩序和人民群众的健康权益。

法律依据：

《医疗机构管理条例》 第三十九条

县级以上人民政府卫生行政部门行使下列监督管理职权：

（一）负责医疗机构的设置审批、执业登记、备案和校验；

（二）对医疗机构的执业活动进行检查指导；

（三）负责组织对医疗机构的评审；

（四）对违反本条例的行为给予处罚。