公司注销时，处理员工公积金的最好办法是先为员工办理公积金封存，然后根据员工的不同情况进行转移或提取操作，同时要按规定完成公司公积金账户的注销手续。

当公司面临注销时，员工公积金的妥善处理至关重要。公司需要为员工办理公积金封存手续。这是因为公司一旦注销，将无法再正常为员工缴纳公积金。公司应在确定注销事宜后，及时到当地住房公积金管理中心办理职工住房公积金账户的封存手续。通常需要提交相关的注销证明文件以及员工公积金信息等资料，将员工的公积金账户状态变更为封存状态，以确保员工公积金账户的安全和稳定。

对于有新工作单位的员工，公司应协助其办理公积金转移手续。员工可以在新单位设立公积金账户后，向原公积金管理中心申请将封存账户内的公积金转移至新账户。公司需要提供必要的证明材料，如原公积金账户信息、员工离职证明等，帮助员工顺利完成转移。这样员工的公积金缴纳可以无缝衔接，保障了员工公积金权益的连续性。

对于符合公积金提取条件的员工，如购房、租房、退休等情况，公司应告知员工相关政策，并协助其准备提取所需的材料。员工可以按照当地公积金管理中心的要求，提交提取申请，将公积金账户内的余额提取出来。

在完成员工公积金的相关处理后，公司要按照规定办理公积金账户的注销手续。公司需向住房公积金管理中心提交注销申请，并提供公司注销的相关证明文件，经审核通过后，完成公积金账户的注销。整个过程中，公司要严格遵守相关法律法规和政策要求，确保员工公积金权益得到充分保障，避免因公积金处理不当引发的法律风险和劳动纠纷。

法律依据：

《住房公积金管理条例》 第十五条

单位录用职工的，应当自录用之日起30日内向住房公积金管理中心办理缴存登记，并办理职工住房公积金账户的设立或者转移手续。

单位与职工终止劳动关系的，单位应当自劳动关系终止之日起30日内向住房公积金管理中心办理变更登记，并办理职工住房公积金账户转移或者封存手续。