工程索赔程序应注意的三方面内容主要包括索赔意向通知、索赔资料准备和索赔文件提交与审核。

索赔意向通知是工程索赔程序的起始点。当索赔事件发生后，承包商需要在规定的时间内，一般是28天内，向工程师或业主代表发出索赔意向通知。这一通知具有重要意义，它是承包商表明索赔意图的正式文件，意味着承包商开始启动索赔程序。发出索赔意向通知时，要确保通知内容清晰明确，包含索赔事件的大致情况、发生时间和初步认为的索赔理由。例如，因恶劣天气导致工程停工，在通知中应说明恶劣天气发生的具体时间、对工程造成的影响，如停工天数等。

索赔资料准备是索赔成功的关键。在发出索赔意向通知后，承包商要着手收集和整理与索赔事件相关的各种证据资料。这些资料涵盖施工原始记录，如施工日志，它能详细记录每天的施工情况，包括人员出勤、设备使用、工程进度等；工程照片和录像，它们可以直观地反映索赔事件发生时的现场状况，比如工程受损的情况；各种来往信函，如与业主、工程师之间关于工程问题的沟通信件；以及合同文件等。资料的准备要做到全面、准确、真实，并且按照一定的逻辑顺序进行整理，以便在后续的索赔过程中能够清晰地展示索赔的依据和要求。

索赔文件提交与审核是索赔程序的重要环节。承包商应在规定时间内，通常是发出索赔意向通知后的28天内，向工程师或业主提交正式的索赔文件。索赔文件应包括索赔信、索赔报告和附件等内容。索赔信主要是再次强调索赔的意图和大致情况；索赔报告则详细阐述索赔的理由、计算方法和索赔金额或工期延长的要求；附件就是前面准备好的各种证据资料。工程师或业主在收到索赔文件后，会在规定时间内进行审核，他们可能会要求承包商进一步补充资料或对某些问题进行说明。承包商需要积极配合审核工作，确保索赔程序顺利进行。

法律依据：

《民法典》 第八百零三条

发包人未按照约定的时间和要求提供原材料、设备、场地、资金、技术资料的，承包人可以顺延工程日期，并有权请求赔偿停工、窝工等损失。

第八百零四条

因发包人的原因致使工程中途停建、缓建的，发包人应当采取措施弥补或者减少损失，赔偿承包人因此造成的停工、窝工、倒运、机械设备调迁、材料和构件积压等损失和实际费用。

第八百零五条

因发包人变更计划，提供的资料不准确，或者未按照期限提供必需的勘察、设计工作条件而造成勘察、设计的返工、停工或者修改设计，发包人应当按照勘察人、设计人实际消耗的工作量增付费用。