两次委托鉴定被退回后法院的判决需综合多方面因素考量，可能依据现有证据进行裁判，若负有举证责任的一方无法提供鉴定结果支持其主张，可能承担不利后果；也可能根据案件具体情况进一步调查或要求补充证据等。

在司法实践中，鉴定对于查明案件事实往往起着关键作用。当出现两次委托鉴定被退回的情况，法院会遵循一定的规则和流程进行处理。

法院会分析鉴定被退回的原因。如果是因为鉴定机构认为鉴定材料不完整、不充分，无法得出明确的鉴定结论而退回，法院可能会要求当事人补充相关材料。例如在一些医疗纠纷案件中，若病历资料不齐全导致无法进行医疗过错鉴定，法院会责令当事人补充完整病历。

若鉴定被退回是由于客观原因无法进行鉴定，比如鉴定事项超出了现有鉴定技术水平，法院会根据现有的证据进行判断。在合同纠纷案件中，如果涉及对合同标的物质量的鉴定，但由于标的物已损坏无法进行鉴定，法院会审查双方提供的合同条款、交易记录、证人证言等证据来认定事实。

对于负有举证责任的一方来说，如果因为两次委托鉴定被退回而无法提供鉴定结果来支持自己的主张，可能要承担不利的法律后果。根据“谁主张，谁举证”的原则，当事人需要对自己提出的诉讼请求所依据的事实提供证据加以证明。比如在人身损害赔偿案件中，原告主张被告的侵权行为导致其伤残，需要通过鉴定来确定伤残等级，但两次鉴定均被退回且无法补充有效鉴定材料，那么原告可能无法获得相应的伤残赔偿。

此外，法院也可能根据案件的具体情况，采取其他调查措施，如进行现场勘查、询问相关证人等，以尽可能查明案件事实。总之，两次委托鉴定被退回后法院的判决是一个综合考量的过程，会依据具体案件情况作出公正合理的裁判。

法律依据：

《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》 第四十条

当事人申请重新鉴定，存在下列情形之一的，人民法院应当准许：

（一）鉴定人不具备相应资格的；

（二）鉴定程序严重违法的；

（三）鉴定意见明显依据不足的；

（四）鉴定意见不能作为证据使用的其他情形。

存在前款第一项至第三项情形的，鉴定人已经收取的鉴定费用应当退还。拒不退还的，依照本规定第八十一条第二款的规定处理。

对鉴定意见的瑕疵，可以通过补正、补充鉴定或者补充质证、重新质证等方法解决的，人民法院不予准许重新鉴定的申请。

重新鉴定的，原鉴定意见不得作为认定案件事实的根据。